La Sede Académica de México se estableció en 1975 mediante un acuerdo entre el Gobierno de México y la FLACSO. Inició sus actividades en 1976 y desde entonces, la institución recibe un apoyo sustantivo de la Secretaría de Educación Pública (SEP).

Por treinta y cinco años ha formado investigadores, académicos y profesionales, y ha nutrido el análisis de los problemas relevantes de la región, consolidándose como una institución de excelencia en la que convergen estudiantes y destacados especialistas del país y el resto del mundo. Así, contribuye al fortalecimiento de las relaciones entre la academia y los ámbitos de decisión pública y privada.

Flacso México realiza investigación en los campos de las ciencias sociales y de la política pública y desarrolla programas de docencia a nivel de posgrado. La institución aborda, en un marco de pluralidad teórica y metodológica, los problemas de las sociedades contemporáneas con una perspectiva latinoamericana.

Su modelo educativo vincula estrechamente la investigación y la docencia con la finalidad de generar conocimiento científico de vanguardia que sea aplicable a la solución de problemas públicos de alcance nacional y regional.

Flacso México ofrece estudios de posgrado en dos modalidades:

A.    Dedicación exclusiva

Doctorado de Investigación en Ciencias Sociales, con mención en:
•    Ciencia Política
•    Sociología

Maestrías en:
•    Ciencias Sociales
•    Gobierno y Asuntos Públicos
•    Población y Desarrollo

B.    Educación a distancia

Maestrías:
•    Políticas Públicas Comparadas
•    Derechos Humanos y Democracia
•    Políticas Públicas y Género

Especialidades:
•    Política y Gestión Educativa
•    Cultura de la Legalidad
•    Política y Gestión Energética y Medioambiental
•    Estudios Políticos Latinoamericanos

Además, se imparten diplomados, como el Superior en Presupuestos Públicos Pro-equidad de Género contra la Pobreza en América Latina y el Caribe, así como diversos cursos cortos orientados a la actualización de profesionistas y funcionarios públicos.